Pasando la Sala Prehistórica del Museo de Historia de Ensenada, se encuentra la sala misional. En ella se exhiben una serie de objetos y fotografías que tienen que ver con el tiempo en que los misioneros jesuitas, franciscanos y dominicos, fueron fundando lo que hoy es Baja California.

Conviene recordar la etapa misional de Baja California da principio en el año de 1697, cuando el misionero jesuita Juan María Salvatierra fundó la misión de Nuestra Señora de Loreto, la primer misión permanente de las Californias. Los jesuitas permanecieron hasta 1768, en que fueron expulsados de todos los dominios de España, siendo sustituidos por los franciscanos. Esta última orden permaneció cinco años en Baja California, trasladándose a la Alta California para dar principio a su evangelización.

Fueron los misioneros dominicos quienes llegaron en lugar de los franciscanos, dando principio a su labor en 1773. Permanecieron aquí 70 años y fundaron varios pueblos como El Rosario, Santo Domingo, San Vicente, Santo Tomás, La Misión, Guadalupe y Santa Catarina, es decir los primeros pueblos del hoy estado de Baja California.

La presencia misionero dio origen a los primeros ranchos, así como a la actividad ganadera y agrícola, la primera actividad comercial de la península.

En el museo se podrán apreciar objetos originales que tiene que ver con esta etapa, como imágenes de bulto, exvotos, trenzas de las fiestas misionales, metates, ollas, reatas, marcas de errar, sotanas, etc.

Destaca un mural del artista plástico Francisco Hernández Zamora, que ilustra la actividad misionera en la misión de San Francisco de Borja Adac.

La parte principal de la sala misional es la serie fotográfica de Carlos Lazcano en la que se muestran la totalidad de los sitios misionales de la península, tanto las de Baja California Sur como las de Baja California. De Baja California Sur tenemos a: 1.-Nuestra Señora de Loreto (1697), 2.-San Francisco Javier Viggé-Biaundó (1699), 3.-San Juan Malibat-Liguí (1705) , 4.-Santa Rosalía de Mulegé (1705), 5.-San José de Comondú (1708), 6.- La Purísima (1718), 7.-Nuestra Señora del Pilar de La Paz (1720), Nuestra Señora de Guadalupe (1720), 8.-Santiago (1721), 9.-Nuestra Señora de los Dolores (1721), 10.-San Ignacio (1728), 11.-San José del Cabo (1730), 12.-Todos Santos (1733), 13.-San Luis Gonzaga Chiriyaqui (1740).

De Baja California: 1.-Santa Gertrudis La Magna (1737), 2.-San Francisco de Borja Adac (1762), 3.-Santa María de los Ángeles (1766), 4.-San Fernando Velicatá (1769), 5.-Nuestra Señora del Rosario (1774), 6.-Santo Domingo de la Frontera (1775), 7.-San Vicente Ferrer (1780), 8.-San Miguel Arcángel de la Frontera (1787), 9.-Santo Tomás de Aquino (1791), 10.-San Pedro Mártir de Verona (1794), 11.-Santa Catalina (1797), 12.-Nuestra Señora de Guadalupe (1834).

El Museo de Historia de Ensenada se encuentra dentro de las instalaciones del Riviera, junto al salón Casino, aunque su entrada es desde el paseo de las Banderas. Se encuentra abierto todos los días, excepto los lunes, desde las 10 de la mañana hasta las 5 de la tarde. Vale la pena conocerlo, tanto para los residentes como para los visitantes y turistas.