A un lado de la sala misional se encuentra la sala de los Navegantes y Exploradores. Para introducirnos en este espacio hay que recordar que fue gracias a estos personajes que la península de Baja California fue descubierta y explorada entre los años de 1533 y 1543. Esos diez años marcaron el primer ciclo de encuentros y descubrimientos por parte de los españoles. Fue Hernán Cortés el principal protagonista de esta etapa, ya que la mayoría de las navegaciones fueron por él enviadas, incluso el dirigió personalmente una de ellas, y gracias a eso estuvo en la península un poco más de un año, entre 1535 y 1536, explorando toda la parte del extremo sur e intentando consolidar una colonia en la hoy bahía de La Paz, Baja California Sur.

Cortés financió la primera navegación que se topó con la península, entre 1533 y 1534, la inicialmente estuvo al mando de Diego Becerra, pero que posteriormente la tomó, por medio de un motín, el piloto Fortún Ximenez. Posteriormente, como ya lo mencinamos, Cortés personalmente dirigió la siguiente navegación, la que fracasó en sus intentos de colonización, pero si avanzó mucho en la exploración de la región. En 1539-1540 Cortés envía una nueva navegación, esta al mando de de Francisco de Ulloa, quien recorre toda la costa de la península, tanto del lado del golfo como casi todo del lado del Pacífico. Fue la primera vez que se demostró que la California era península.

Cortés ya no prosigue las navegaciones y estas las continúa el primer virrey de la Nueva España, don Antonio de Mendoza, quien manda a Hernando de Alarcón a la exploración de la desembocadura del río Colorado, en 1540. Al año siguiente envía a Francisco de Bolaños para explorar el Pacífico, pero esta entrada fracasa a la altura de la Bahía Magdalena. Así, en 1542 el virrey manda a Juan Rodríguez Cabrillo, quien termina la exploración de la península y descubre y explora toda la costa de la Alta California. Cabrillo muere en esta navegación, y todos sus hombres regresan en 1543, cerrándose así este primer ciclo de exploraciones y descubrimientos en Baja California, que es cuando se los españoles tienen los primeros contactos con sus grupos indígenas.

En la Sala de los Navegantes y Exploradores Museo de Historia de Ensenada se muestran una serie de mapas antiguos y modernos donde se detallan las rutas de estas primeras navegaciones descubridoras. Igualmente se tiene un modelo a escala del tipo de naves utilizadas por los navegantes españoles en sus encuentros con las costas californianas.

Esta historia de cómo fue siendo descubierta y explorada la península de Baja California resulta fascinante, y en el Museo de historia de Ensenada se muestra un poco de ella.

El Museo de Historia de Ensenada se encuentra dentro de las instalaciones del Riviera, junto al salón Casino, aunque su entrada es desde el paseo de las Banderas. Se encuentra abierto todos los días, excepto los lunes, desde las 10 de la mañana hasta las 5 de la tarde. Vale la pena conocerlo, tanto para los residentes como para los visitantes y turistas.