Entre los servicios que ofrece el Museo de Historia de Ensenada se encuentra su tienda, la que se localiza en la recepción. En este espacio se venden libros sobre historia regional, antropología, etnografía, culturas indígenas locales, y otros temas afines. Igualmente se tienen en venta cd’s de música tradicional de varias partes de México e indígena así como videos sobre varios aspectos.

Entre los libros se encuentran varios títulos de Carlos Lazcano, como la serie de publicaciones sobre las navegaciones que descubrieron Baja California durante el siglo XVI. Otros libros de Lazcano tratan sobre los grupos indígenas que había en Ensenada antes de la llegada de los españoles, también sobre el tema de las misiones y misioneros y otros aspectos históricos locales. También se encuentran algunas de las publicaciones de la Sociedad de la Antigua California, como las monografías de las misiones que fueron fundadas en nuestro Estado durante el siglo XVIII y la Memoria del homenaje a Fernando Consag, un libro colectivo sobre este misionero en donde participaron destacados historiadores como el Dr. Miguel León Portilla.

Entre los videos que se ofertan, se tiene uno del profesor Cenovio Gamboa, que es un excelente documental sobre la cultura vaquera del Estado de Baja California. El profesor Gamboa ha sido en los últimos años uno de los más importantes promotores de la cultura vaquera y este video es una muy buena muestra de ello.

Además de los libros están a la venta calendarios con series de fotografías antiguas sobre Ensenada. También se ofrecen juegos educativos para niños, así como diversas artesanías locales, destacando la cerámica de los pa-ipai de Santa Catarina y la cestería de los kumiai, tando de la comunidad de La Huerta como de Sab José de la Zorra. Otros objetos artesanales son los adornos de chaquira, así como los elaborados con concha de abulón como aretes, colguijes y brazaletes. También se venden camisetas con temas históricos, así como fotografías actuales de sitios naturales e históricos de Baja California, como la serie de todas las misiones del Estado que es excelente.

Los precios de todo lo que se vende en el museo son bastante accesibles y con lo que la gente compra se apoya tanto al Museo como a los artesanos locales.

En la recepción del Museo también se da información sobre distintos aspectos de la historia de Ensenada y Baja California, así como información turística y general de la región. Ahí se paga el acceso al Museo, que son 20 pesos por adulto y 10 por niños y estudiantes.