El valeroso y legendario Juan Antonio María se entregó por completo al ejercicio de su responsabilidad militar por lo que provocó varios y graves problemas de carácter familiar (con su suegro), pues popularmente, se había ganado el mote de ¨El Valiente¨ porque éste arrojado e inquieto jinete , jamás lo detuvo el miedo, por ello en una ocasión su padre le dijo ¨hijo mío eres muy valiente nunca te atemorizas y sin titubear haces frente a todo, pero yo presiento, Dios no lo quiera, que cuando te maten ni las manos vas a poder meter. Años después como lo narré anteriormente así sucedió.

Como vigía anónimo anteriormente y ahora como defensor oficial nombrado por el Gobernador José María Blancarte, Melendres siguió siendo el protector del pueblo contra los extranjeros que seguían entrando para realizar robos, vejaciones y violaciones a los indígenas californios.

Esto le atrajo infinidad de enemigos extranjeros y mexicanos entreguistas, ya que en sus reportes al Gobernador Blancarte le dijo ¨Multitud de grupos de rancheros honrados se me han presentado contra estos extranjeros criminales de la alta California que están entrando, robando caballado y también reses.

Estos extranjeros en lugar de agradecer la hospitalaria acogida con que son recibidos por estos nobles habitante , siguen sus depravadas conducta del robo y del pillaje, acostumbrados en la Alta a una vida ociosa y libertina, robando y matando por vicio, al llegar a este suelo, no han podido moldearse¨.

Blancarte nombró a José Luciano Espinoza (su suegro) Juez de Paz y Melendres no quiso darle el puesto porque era su enemigo, y José empezó haciendo una campaña en contra de Melendres juntando a todos sus enemigos para convencer al pueblo y ponerlo en contra de Melendres, muchas fueron las envidias por el puesto que tenía Melendres otorgado por el Gobernador Blancarte, Melendres tenía afecto especial a la carrera militar pero nunca ambicionó un puesto político, ya que en el desempeño de él y por las circunstancias en que se encontraba el territorio, la comandancia militar pasaba por una fuerte crisis tanto económica como política y social.

Muchos fueron los intentos y las personas que buscaron la manera de hacer política para quitar a Melendres del importante puesto que desempeñaba, ya por intereses políticos, económicos o de invasión, pues los grandes terratenientes locales temerosos de perder sus propiedades y los capitalistas externos por adquirir nuevas y más amplias riquezas territoriales conspiraban en contra de Melendres de una o varias formas, asiendo dudar a Blancarte, el cual ordenó al subteniente Pujol el arresto de Juan Antonio María Melendres , lo cual se llevó a cabo asesinándolo el 28 de junio de 1855.

Fue perseguido, juzgado y asesinado por defender el territorio Baja Californiano de las ambiciones de los extranjeros y de los mexicanos entreguistas en perjuicio sobre todo de los indígenas Californios.