Antes de que existieran las latas de conservas, los congeladores y los refrigeradores, la fermentación era la principal forma de evitar que los alimentos se deterioraran. Las primeras fermentaciones se realizaron en pozos excavados en la tierra, llenos de diversos alimentos y forrados de hojas: verduras, carnes, pescados, cereales, tubérculos, frutos, etc. La tierra mantenía una temperatura baja y uniforme, y puede que aportase también algunos microbios, es decir, la fermentación, provocada por un lactobacilo, comenzaba en cuestión de días, y posteriormente generaba el suficiente ácido láctico para conservar los alimentos durante meses, a veces incluso años. La fermentación, junto con otras técnicas como la salazón, el ahumado o el secado proporcionó en gran medida sanidad alimentaria, lo que permitió que las tribus agrícolas sobrevivieran durante los largos meses que hay entre las cosechas, además de poder soportar sus inevitables malogros.

A pesar de que muchas personas creen que los alimentos fermentados son saludables, existen pocos estudios científicos que lo demuestren. Afortunadamente, en fechas recientes, un grupo de investigadores organizados por el ISAPP (Asociación Científica Internacional para Probióticos y Prebióticos), ha dado a conocer la primera declaración de consenso para los fermentados. La misión de esta organización es promover todo lo relacionado con los probióticos, prebióticos y simbióticos, a fin de favorecer el desarrollo de productos que beneficien a la salud y cuenten con un respaldo científico internacional.

Durante más de un siglo, los microbiólogos han tratado de identificar y describir las "partes microbianas" relevantes dentro de los fermentados. Solo en las últimas dos décadas, los investigadores de múltiples disciplinas científicas, incluidos los sistemas y la biología molecular, la ecología microbiana y la bioinformática, han comenzado a comprender cómo se ensamblan esas partes para construir comunidades microbianas que son en última instancia responsables de los atributos asociados con fermentados. En conjunto, esta investigación proporciona una base racional para mejorar tanto las características funcionales como las propiedades nutricionales de estos alimentos. También podría ser factible identificar e introducir nuevas especies microbianas que puedan aumentar los rasgos deseables. Muchos alimentos fermentados espontáneamente sirven como una rica reserva de cepas potencialmente valiosas. De particular interés es la posibilidad de predecir los atributos de calidad de los fermentados basándose en la composición microbiana inicial de las materias primas. En última instancia, la producción de alimentos y bebidas fermentadas con mayor control de calidad garantizará la entrega de productos que aporten sabor, textura y atributos relacionados con la salud.