Descubierta la Isla Guadalupe, por Sebastián Vizcaíno en 1602, permaneció solitaria e inhabitada hasta que en el siglo XVIII los cazadores rusos y más tarde los ingleses y los americanos arribaron como los grandes depredadores de los elefantes marinos, nutrias, focas y lobos marinos. Introdujeron cabras, el depredador más temible de la flora de lugar.

Durante el siglo XIX, pescadores, buscadores de guano y balleneros llevaron perros y gatos que acabaron con los huevos y polluelos de las aves migratorias. Introdujeron ratas y ratones de modo accidental al atracar.

En 1895 el botánico inglés Edward Palmer exploró la isla y la consideró un paraíso biológico por su biodiversidad: aves nunca vistas y plantas.

Fue hasta 1922, durante el gobierno del Presidente Álvaro Obregón, se decretó como Parque Nacional y setenta años después con la gestión de Presidente Miguel de la Madrid se logro la categoría de Reserva Especial de la Biosfera y con Vicente Fox se le asignó el estatus de área natural protegida además de reserva de la biosfera.

Este mapa elaborado en 1897 se encuentra en la Librería del Congreso de los Estados Unidos de Norte América (USA), inicialmente en la biblioteca pública de Boston, registro número 42 y fue elaborado por la Marina Americana, clasificándolo Map. 121. 2.B2.1897. Los oficiales responsables, fueron Str. Gedney y el Comandante Liut. Comodoro A. P. Osborn.

Para elaborar este mapa se dice que los americanos destruyeron el ecosistema, matando por placer a elefantes y lobos marinos. Utilizaron este plano para la ocupación de las islas mexicanas ante la supuesta invasión de los japoneses a las costas del pacifico mexicano.