El Partido Encuentro Social tiene raíces de acuerdo a los estudiosos en la iglesia evangélica de la que era pastor su líder principal y presidente del partido Hugo Eric Flores.

Aunque nace en el 2001 como una agrupación política nacional sin financiamiento Público, su líder obtiene por primera vez para el partido una posición como partido local en 2006 al obtener registro en Baja California de la mano del PAN y apoyar la candidatura de Guadalupe Osuna Millán para gobernador.

Sin embargo se alía luego al PRI en el 2013 con quien obtiene una Diputación Local y una regiduría.

En julio del 2009 logra ser incluido como partido por el INE al comprobar 308 mil 997 afiliados y haber realizado 236 asambleas distritales.